I starten arbeidde HRS mest med tema som kjønnslemlesting og tvangsgifte, og samarbeidde med fleire unge innvandrarkvinner for å setje søkjelys på slike overgrep. Men alt i 2002 kontakta nokre av desse kvinnene Likestillingssenteret og fortalde at dei kjende seg pressa og utnytta av HRS. Barne- og familieminister Laila Dåvøy bad kontroll- og konstitusjonskomiteen i Stortinget om å granske saka. Men komiteen meinte at Stortinget ikkje var rette organet for ei slik gransking, og vurderte ikkje skuldingane. HRS avviste påstandane. «Hadde dette vært sant, hadde jeg flyktet fra Norge i skam. Jeg som ikke har gjort annet enn å bære disse små, skjøre fugleungene rundt, så ingen skal komme og ta dem», sa Hege Storhaug til Dagsavisen.

I 2004 fekk Framstegspartiet regjeringa med på å auke støtta til HRS til to millionar gjennom ein eigen post på statsbudsjettet.

I 2009 kom den somaliskfødde forfattaren Amal Aden med hard kritikk mot HRS, etter å ha arbeidd for stiftinga i nokre månader. Aden kjende seg pressa av HRS, og samtalar ho hadde hatt med Karlsen og Storhaug, vart tekne opp på lydband i løynd. HRS vedgjekk å ha gjort lydopptak utan å informere Aden, men avviste dei andre skuldingane. IMDi granska saka og kritiserte HRS for lydopptaka, men fann ikkje grunn til å trekkje støtta til HRS.

I 2012 kutta den raudgrøne regjeringa tilskotet til HRS med 935.000 kroner. Da fekk Framstegspartiet byrådet i Oslo med på å løyve ein million kroner frå Oslo kommune, ei støtte som vart fjerna att etter at det raudgrøne byrådet tok over i 2015. Dagens Høgre- og Frp-regjering har på si side auka statsstøtta til HRS att, til 1,8 millionar kroner i året.